在多台linux主机上执行相同的命令
By tianjing on 2011 年 06 月 05 日
有时候我们需要在若干台linux主机上执行相同的命令，或者安装相同的软件，可以使用如下两种方法:
实验环境，有9台RHEL5.5_x64的主机，host表如下：
test-1 10.9.1.1
test-2 10.9.1.2
test-3 10.9.1.3
test-4 10.9.1.4
test-5 10.9.1.5
test-6 10.9.1.6
test-7 10.9.1.7
test-8 10.9.1.8
test-login 10.10.1.1
其中test-login为登陆节点，test-login到其他8台主机的ssh信任连接已经建立。
方法一：
for i in {1..8}; do ssh test-$i ‘hostname; mkdir –p /root/test’; done
如果ssh后面有多条命令要在远程主机上执行，必须用引号把所有的命令括起来，否则只会有第一条命令在远程主机上执行。
方法二：
安装tentakel, tentakel是一个可以在多台linux主机上执行相同命令的脚本。
下载tentakel-2.2.tgz，解压后make && make install
配制tentakel，把tentakel.conf.simple拷贝为/etc/tentakel.conf,编辑该配置文件：
# first section: global parameters
set ssh_path="/usr/bin/ssh" //设置ssh的路径
set method="ssh" //设置命令使用的方法，先ssh到目标主机，然后执行相关的命令
#set user="root" # 设置ssh时使用的帐号，如果不指定，用户为使用tentakel的帐号
#set format="%d %o\n"
#set maxparallel="3" # run at most 3 commands in parallel
# second section: groups
group default () //默认的组，也可以使用-g参数指定不同的主机组
@test
group test ()
+test-1
+test-2
+test-3
+test-4
+test-5
+test-6
+test-7
+test-8
group test-login ()
+test-login
group all ()
@test
@test-login
上面这个配制文件定义了三个主机组，@test包括了test1-test8这8台节点，@test-login包括了test-login这台节点，@all包括了@test和@test-login这两个主机组，共9台节点。同时定义了默认主机组为@test。
常用的参数：
tentakel –l 列出可用的主机组
tentakel –g groupname‘command’在groupname上执行command，command要用引号引起来。
配置完成以后发现报错：
tentakel –g test ‘hostname’
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/bin/tentakel", line 42, in ?
import lekatnet.error as error
ImportError: No module named lekatnet.error
原因是没有拷贝lekatnet文件:cp -r py/lekatnet/ /usr/lib/python2.4/site-packages/
tentakel –g test ‘mkdir –p /root/test’
sun grid engine简单使用
1. 安装sge
安装master节点：
安装执行主机：
1.配置主机的host表。
2.把要安装的目标主机添加为管理主机: qconf –ah hkdev-4
3.在目标节点上新建sgeadmin用户，拷贝整个安装包到目标主机
4.配置service 端口：
Vim /etc/service添加两行：
sge_qmaster 50001/tcp
sge_execd 50002/tcp
5. 把头节点的/opt/gridengine拷贝到计算节点，运行./install_execd，默认安装即可。
6. 设置环境变量vim /etc/profile.d/sge.sh
SGE_ROOT=/home/sgeadmin/sgeroot; export SGE_ROOT
ARCH=`$SGE_ROOT/util/arch`
DEFAULTMANPATH=`$SGE_ROOT/util/arch -m`
MANTYPE=`$SGE_ROOT/util/arch -mt`
SGE_CELL=sgetest; export SGE_CELL
SGE_CLUSTER_NAME=p50001; export SGE_CLUSTER_NAME
unset SGE_QMASTER_PORT
unset SGE_EXECD_PORT
if [ "$MANPATH" = "" ]; then
MANPATH=$DEFAULTMANPATH
fi
MANPATH=$SGE_ROOT/$MANTYPE:$MANPATH; export MANPATH
PATH=$SGE_ROOT/bin/$ARCH:$PATH; export PATH
# library path setting required only for architectures where RUNPATH is not supported
case $ARCH in
sol*|lx*|hp11-64)
;;
*)
shlib_path_name=`$SGE_ROOT/util/arch -lib`
old_value=`eval echo ‘$’$shlib_path_name`
if [ x$old_value = x ]; then
eval $shlib_path_name=$SGE_ROOT/lib/$ARCH
else
eval $shlib_path_name=$SGE_ROOT/lib/$ARCH:$old_value
fi
export $shlib_path_name
unset shlib_path_name old_value
;;
esac
unset ARCH DEFAULTMANPATH MANTYPE
注意：1.sge整个安装包的用户和组权限应该是sgeadmin，sge目录应该保证其他用户可读。
2.要求关闭防火墙或者打开端口，我选择了关闭防火墙
2.添加队列：
新建一个队列hiseq.q：
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -aq hiseq.q //队列名
qname hiseq.q //队列名
hostlist @hiseqhosts //主机组，定义这个队列中包含的所有主机
seq_no 0
…
slot 100 //可以使用的资源
…
notify 00:00:60
owner_list NONE
user_lists dms //用户列表，这个列表中的用户允许使用该队列，其他的用户不允许使用该队列
xuser_lists NONE
qconf –sql 可以查看所有的队列
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -sql
all.q
hiseq.q
prs.q
qconf –sq 队列名 可以查看某一个队列的配置信息
定义@hiseqhosts主机组：
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -mhgrp @hiseqhosts
group_name @hiseqhosts
hostlist hkdev-1.genomics.org.cn hkdev-2.genomics.org.cn\ //多个主机需要换行时需要加”\”
hkdev-3.genomics.org.cn
qconf –shgrpl 可以查看所有的主机组
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -shgrpl
@allhosts
@hiseqhosts
@prshosts
qconf –shgrp 组名 可以查看某个主机组信息
定义用户列表 dms：
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -mu dms
name dms //用户组名称
type ACL DEPT
fshare 0
oticket 0
entries dms //该用户组中的用户，多个用户用逗号隔开
qconf -sul 可以查看所有的用户组
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -sul
arusers
deadlineusers
defaultdepartment
dms
prs
test
qconf -su 用户组名 可以查看某个用户组的信息
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -su prs
name prs
type ACL DEPT
fshare 0
oticket 0
entries prs
注 ：要使用sge，必须在每个节点上都建立同一个帐号，相同的uid和gid
查看队列中主机的情况：
qselect –q 队列名称
[root@hkdevlogin-1 ~]# qselect -q hiseq.q
hiseq.q@hkdev-2.genomics.org.cn
hiseq.q@hkdev-1.genomics.org.cn
hiseq.q@hkdev-3.genomics.org.cn
3. qstat使用：
qstat –f
qstat –explain
qstat –j jobid
4. qmod使用：
qmod –cq 队列名
qmod －cj job名
5. 修改默认shell
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf –mconf //编辑sge的配置文件
login_shells bash,sh,ksh,csh,tcsh //把默认shell改为bash
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -mq all.q //编辑队列配置文件
shell /bin/bash //把默认的shell改为bash
6. 限制单个计算节点可以使用的资源
[root@hkdevlogin-1 ~]# qconf -me hkdev-1
hostname hkdev-1.genomics.org.cn
load_scaling NONE
complex_values slots=24,virtual_total=32G //这个值不设置的话默认可以使用的值为无限大，任务较多的时候容易把节点跑死掉。
user_lists NONE
xuser_lists NONE
projects NONE
xprojects NONE
usage_scaling NONE
report_variables NONE
7. sge简单使用
qsub –cwd –l vf=1G –q common.q –l h=compute-0-0 test.sh
test.sh:
#!/bin/bash
#$ –S /bin/bash
sleep 100;
8. 启用-l vf参数
[root@qcs script]# qconf –mc
#name shortcut type relop requestable consumable default urgency
#—————————————————————————————-
virtual_free vf MEMORY <= YES YES 0 0
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