在Java多线程的run方法中直接调用service业务类时，需要注意以下几个问题：
1. 线程安全：确保业务类中的方法是线程安全的，即多个线程同时调用该方法时，不会出现数据竞争或者数据不一致的情况。可以通过使用synchronized关键字、锁机制或者使用线程安全的容器等方式来实现线程安全。
2. 线程间通信：在多线程环境下，不同的线程可能需要相互通信，以便进行协作或者共享数据。可以通过使用wait、notify或者Condition等方式来实现线程间的通信。需要注意的是，不要在业务类中直接调用Thread类的方法来控制线程的执行顺序或者状态，应该通过线程间通信的方式来实现。
3. 异常处理：在多线程环境下，可能会出现异常情况。在调用业务类的方法时，需要对可能出现的异常进行处理，以避免线程中断或者数据不一致的问题。可以使用try-catch语句来捕获异常，并进行相应的处理。
4. 线程生命周期管理：在多线程环境下，需要合理管理线程的生命周期，以避免线程泄露或者无法正确终止的问题。需要确保在适当的时候启动线程、结束线程，并且在程序退出时确保所有线程都已经正确终止。
5. 性能优化：在多线程环境下，可能会存在性能问题。可以通过合理设计和优化业务类的方法，减少线程之间的竞争，提高线程的执行效率。例如，可以使用线程池来管理线程，减少线程的创建和销毁开销；可以使用并发集合来替代同步集合，提高并发性能等。
总之，需要仔细考虑多线程环境下的并发问题，尽量避免出现线程安全、线程间通信、异常处理、线程生命周期管理和性能优化等方面的问题，以确保多线程程序的正确性和性能。
