修复基于.NET Framework 3.5的应用程序无响应超时的问题，可以尝试以下方法：
1. 检查服务器性能：确保服务器的硬件和资源足够支持应用程序的运行。如果服务器负荷过大，可能会导致应用程序响应超时。
2. 检查网络连接：确保网络连接稳定，并且没有网络延迟或丢包的问题。网络问题可能会导致应用程序无法及时响应。
3. 优化代码逻辑：检查应用程序的代码逻辑，确保没有死循环、长时间运行的操作或其他可能导致应用程序无法及时响应的问题。可以使用调试工具和性能分析工具来定位潜在的性能问题。
4. 使用异步编程：对于长时间运行的操作，可以使用异步编程模型来执行，以避免阻塞主线程。可以使用Task和async/await关键字来实现异步编程。
5. 调整超时设置：如果应用程序的超时设置过小，可能会导致应用程序在处理复杂请求时超时。可以适当调整超时设置来允许更长的响应时间。
6. 更新.NET Framework版本：如果可能的话，考虑升级到较新的.NET Framework版本。较新的.NET Framework版本通常会提供更好的性能和稳定性。
通过以上方法，您应该能够修复基于.NET Framework 3.5的应用程序无响应超时的问题。
