系统集成项目管理工程师并没有取消，根据2020年1月2日举行的水平评价类技能人员职业资格退出目录国务院政策例行吹风会，研究决定分步取消水平评价类技能人员职业资格，而系统集成项目管理工程师并不属于技能人员职业资格。
根据2019年12月30日召开的国务院常务会议内容，决定分步取消水平评价类技能人员职业资格，推行社会化职业技能等级认定。会议确定，从2020年1月起，除与公共安全、人身健康等密切相关的消防员、安检员等7个工种依法调整为准入类职业资格外，用一年时间分步有序将其他水平评价类技能人员职业资格全部退出国家职业资格目录，不再由政府或其授权的单位认定发证;同时，推行职业技能等级制度，制定发布国家职业标准或评价规范，由相关社会组织或用人单位按标准依规范开展职业技能等级评价、颁发证书。已发放的水平评价类技能人员职业资格证书继续有效。会议要求稳妥推进现有职业资格实施机构职能调整，做好工作衔接。加强涉及评价质量、收费等的事中事后监管。
系统集成项目管理工程师属于软考，软考属于水平评价类职业资格，但水平评价类职业资格也分为两类，一种是专业技术人员职业资格，另一种是技能人员职业资格，而软考属于专业技术人员职业资格水平评价类考试，并不属于技能人员职业资格，因此对软考没有影响，系统集成项目管理工程师也不会取消。
