在MongoDB中，可以使用以下方法来查询耗时长的操作：
1. 使用explain()方法：explain()方法可以返回查询操作的详细执行计划，包括查询的索引使用情况、扫描文档数等信息。可以通过检查explain()方法返回的结果来确定查询操作的耗时情况。
例如，假设我们要查询一个名为"users"的集合中耗时最长的操作，可以执行以下命令：
```
db.users.find().sort({$natural: -1}).limit(1).explain()
```
这将返回查询操作的执行计划，并且会显示耗时最长的操作。
2. 使用索引：通过创建适当的索引，可以大大提高查询操作的性能。
可以使用以下命令来查看集合中的索引：
```
db.users.getIndexes()
```
然后，分析索引的使用情况，确定是否有需要创建或调整的索引来优化查询操作的性能。
3. 分析慢查询日志：MongoDB提供了慢查询日志功能，可以记录执行时间超过指定阈值的查询操作。可以通过分析慢查询日志来确定哪些查询操作耗时较长，然后针对这些查询进行优化。
可以通过在MongoDB配置文件中设置`slowQueryThresholdMs`参数来启用慢查询日志，并设置执行时间的阈值。
4. 使用索引提示：在某些情况下，MongoDB可能无法选择最佳的索引。可以使用索引提示来指定MongoDB使用特定的索引执行查询操作。
例如，假设我们有一个名为"age_1_name_1"的复合索引，我们可以使用以下命令来提示MongoDB使用该索引执行查询操作：
```
db.users.find({age: 25, name: 'John'}).hint({age: 1, name: 1})
```
这将告诉MongoDB使用"age_1_name_1"索引来执行查询操作。
注意：以上方法仅供参考，并且效果可能因具体情况而异。在实际应用中，可以根据具体需求和查询操作的特点，选择适合的方法来查询耗时长的操作。
