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Python科学计算学习之高级数组(二)

2023-01-31 00:21

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  1. 代码性能和向量化

  背景:Python是一种解释型的编程语言,基本的python代码不需要任何中间编译过程来得到机器代码,而是直接执行。而对于C、C++等编译性语言就需要在执行代码前将其编译为机器指令。 但是,解释型代码的速度比编译型代码要慢,为了使得python代码更快,最好尽可能的使用Numpy和Scipy包中的函数编写部分代码。(注意:numpy和scipy是诸如C、C++等编译型语言编写实现的)

例如:Python语言的numpy向量化语句为什么比for快?

python之类语言的for循环,和其它语言相比,额外付出了什么。

python是解释执行的。举例来说,执行 x = 1234+5678 ,对编译型语言,是从内存读入两个short int到寄存器,然后读入加法指令,通知CPU内部的加法器动作,最后把加法器输出存储到x对应的内存单元(实质上,最后这个动作几乎总会被自动优化为“把加法器输出暂存到寄存器而不是内存单元,因为访问内存的时间消耗常常是访问寄存器的几十倍”)。一共2~4条指令(视不同CPU指令集而定)。

而换了解释性语言,它得先把“x = 1234+5678”当成字符串,逐个字符比对以分析语法结构——不计空格这也是11个字符,至少要做11个循环;每个循环至少需要执行的指令有:取数据(如读'x'这个字符)、比较数据、根据比较结果跳转(可能还得跳转回来)、累加循环计数器、检查循环计数器是否到达终值、根据比较结果跳转。这就是至少6条指令,其中包含一次内存读取、至少两次分支指令(现代CPU有分支预测,若命中无额外消耗,否则……)。总计66条指令,比编译型语言慢至少17倍(假设每条指令执行时间相同。但事实上,访存/跳转类指令消耗的时间常常是加法指令的十倍甚至百倍)。这还只是读入源码的消耗,尚未计入“语法分析”这个大头;加上后,起码指令数多数百倍(消耗时间嘛……我猜起码得多数千倍吧)。

  1. 向量化

     为提升代码的性能(运行时间),通常需要将代码向量化。使Numpy包的切片、运算符和函数来替代代码中的for循环以及运行速度较慢的代码片段,可以显著提高代码的性能。

规则:尽可能避免使用for循环而采用向量化形式,善用python的numpy库中的内置函数。例如:np.exp ,np.log ,np.maxmum(v,0) 等。

简单实例进行说明:

import numpy as np

import time

 a = np.random.rand(1000000)

b = np.random.rand(1000000)

tic = time.time()       

c = np.dot(a, b)       #向量化运算

toc = time.time()

print("c: %f" % c)

print("vectorized version:" + str(1000*(toc-tic)) + "ms")

#采用for循环语句进行编程

c = 0

tic = time.time()

for i in range(1000000):

    c += a[i] * b[i]

toc = time.time()

print("c: %f" % c)

print("for loop:" + str(1000*(toc-tic)) + "ms")

运行结果:

c: 250099.479223

vectorized version:32.00173377990723ms

c: 250099.479223

for loop:1680.09614944458ms  #可见,向量化的实现代码速度上有飞速提升,而且代码看起#来更加简洁。

##说明,无论有多长的数据列表并且需要对他们进行数学转换,考虑将这些python数据

结构转换为numpy.ndarray对象并使用固有的矢量化功能。

  1. Python广播

     当两个数组中每个元素都进行相应的运算的时候,需要两个数组的形状相同,如果形状不同,则使Python的广播机制进行处理。例如,当一个向量(一维数组)和一个标量(零维数组)相加时,为了能够执行加法,标量需扩展为向量,这种通用机制称为广播。

3.1广播数组:

“广播”的一个工作原则是:两个数组的维度应该相同(即要对一个二维数组进行广播,那么用来广播的数组也应该是二维的),并且只能有一个维度的长度允许不一样,且那个不一样的维度在用来广播的数组里面的长度应该为1(比如,对于一个(3,4)的二维数组,那么用来广播的数组必须是(3,1)或(1,4);比如对于一个三维的数组(3,4,5),用来广播的数组必须是(1,4,5)或(3,1,5)或(3,4,1)),这样子,我们才说两个数组是广播兼容的。广播会在沿着长度为1的那个维度进行扩散进行。(广播原则:如果两个数组的后缘维度(即:从末尾算起的维度)的轴长相符或者其中的一方长度为1,则认为广播兼容,广播在缺失和长度为1的轴上进行)

如下实例:说明广播是如何操作的:重塑、扩展

import numpy as np

a=np.arange(0,60,10).reshape(-1,1) #建立一个二维数组,形状数(6,1)

print(a.shape)

print(a)

b=np.arange(0,5)   #建立一个一维数组b(向量),形状为(5,)

print(b.shape)

print(b)

c=a+b          #注意:此处向量需要被广播,第一运算步骤为:重塑,将向量的形状从(5,)转换为(1,5)。第二步运算是扩展,将向量的形状从(1,5)转换为(6,5)。              #注意:形状(n,)不能自动广播到向量(m,n)

print(c.shape)

print(c)

运行结果:

(6, 1)

[[ 0]

 [10]

 [20]

 [30]

 [40]

 [50]]

(5,)

[0 1 2 3 4]

(6, 5)

[[ 0  1  2  3  4]

 [10 11 12 13 14]

 [20 21 22 23 24]

 [30 31 32 33 34]

 [40 41 42 43 44]

 [50 51 52 53 54]]

解释:

首先b.shape=(1,5)  #由于a与b的维数不一样,首先需让b的维度(shape

#属性性)向a对齐,即向量变为矩阵

print(b.shape)

print(b)

其次,加法的两个输入数组属性分别为(6,1)和(1,5),输出数组的各个轴的长度为输入数组各个轴的长度的最大值,则输出数组的属性为(6,5);将b在第0轴进行复制,a在第一轴上进行复制。

结果为:

a=a.repeat(5,axis=1)      

print(a)

b=b.repeat(6,axis=0)

print(b)

[[ 0  0  0  0  0]

 [10 10 10 10 10]

 [20 20 20 20 20]

 [30 30 30 30 30]

 [40 40 40 40 40]

 [50 50 50 50 50]]

[[0 1 2 3 4]

 [0 1 2 3 4]

 [0 1 2 3 4]

 [0 1 2 3 4]

 [0 1 2 3 4]

 [0 1 2 3 4]]

注意:numpy内部不会使用repeat进行数据扩展,而是使用内部集成的函数ogrid(创建广播预算用的数组)和mgrid函数(返回是进行广播后的数组)

3.2 Python的广播方便与计算:

① 一维向量+常量

import numpy as np

vector=np.arange(4)

b=vector+1.

print(b.shape)

print(b)    #result为:(4,)    向量[1. 2. 3. 4.]

② 多维向量+常数

③ 多维向量+行向量

④ 多维向量+列向量

a=np.array([[1,2,3],[4,5,6]])

b=[1,2,3]

c=[[4],[5]]

print(a)

print(a+1)

print(a+b)

print(a+c)     #运行结果:

[[1 2 3]

 [4 5 6]]

[[2 3 4]

 [5 6 7]]

[[2 4 6]

 [5 7 9]]

[[ 5  6  7]

 [ 9 10 11]]

 

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