要让Java源码加密并能运行，可以使用以下步骤：
1. 使用Java编译器（javac）将源代码编译成字节码文件（.class文件）：
```
javac YourSourceFile.java
```
2. 使用Java密钥工具（keytool）生成一个密钥库（.keystore文件）：
```
keytool -genkey -alias YourAlias -keyalg RSA -keystore YourKeystoreFile.keystore
```
3. 使用Java加密工具（jarsigner）使用生成的密钥库对字节码文件进行签名：
```
jarsigner -keystore YourKeystoreFile.keystore -storepass YourStorePassword -keypass YourKeyPassword YourClassFile.class YourAlias
```
这将在字节码文件中嵌入签名信息。
4. 使用Java打包工具（jar）将签名的字节码文件打包成JAR文件：
```
jar cf YourJarFile.jar YourClassFile.class
```
5. 使用Java运行时环境（JRE）或Java虚拟机（JVM）来运行JAR文件：
```
java -jar YourJarFile.jar
```
这样，经过签名和打包的JAR文件将包括加密的源代码，并且可以在JRE或JVM中运行。请注意，这只是将源代码加密的基本方法之一。在实际应用中，可能需要更复杂的加密措施来保护源代码的安全性。
