要保护Web应用程序免受文件上传漏洞的影响，在配置CentOS系统时可以采取以下措施：
1. 安装最新的操作系统和软件补丁：确保系统和软件都是最新的版本，并及时应用安全补丁，以修复已知漏洞。
2. 使用安全的文件上传目录：将文件上传目录放在Web根目录之外，以防止恶意用户通过上传恶意文件来执行任意代码。
3. 限制文件上传的类型和大小：配置Web服务器或应用程序只接受特定的文件类型和大小，例如只接受图像文件或限制文件大小不超过一定限制。
4. 进行文件类型验证：通过检查文件的扩展名或魔术数字来验证文件的类型，以防止使用虚假文件扩展名来绕过文件类型限制。
5. 执行文件上传后的安全检查：在文件上传后执行安全检查，例如使用杀毒软件扫描文件，以确保上传的文件不包含恶意代码。
6. 配置安全的文件访问权限：确保文件上传目录和上传的文件具有适当的访问权限，只允许需要访问的用户访问。
7. 启用Web应用程序防火墙：配置防火墙以限制对Web应用程序的访问，并只允许来自信任来源的访问。
8. 使用Web应用程序防火墙（WAF）：使用WAF工具来检测和阻止对Web应用程序的恶意请求，以帮助防止文件上传漏洞的利用。
9. 进行安全审计和监控：定期进行安全审计和监控，以及实时监测和记录Web应用程序中的异常活动。
总的来说，保护Web应用程序免受文件上传漏洞的影响需要综合使用操作系统和应用程序级别的安全措施，以及定期的安全审计和监控。
