要配置CentOS系统以保护Web应用程序免受SQL注入攻击，可以采取以下步骤：
1. 更新系统：确保系统和软件都是最新版本，以获得最新的安全补丁和修复程序。
2. 安装防火墙：配置防火墙以限制对数据库服务器和Web应用程序的访问。只允许来自信任来源的IP地址访问数据库服务器。
3. 使用安全的Web服务器配置：确保在Web服务器上使用安全的配置，如禁用不必要的功能和服务，限制文件和目录的访问权限，并启用适当的日志记录。
4. 输入验证和过滤：在Web应用程序中实施输入验证和过滤，确保用户输入的数据是符合预期的格式和类型。可以使用正则表达式或开源的输入验证库来实现。
5. 参数化查询：使用参数化查询或预编译语句来执行SQL查询，而不是将用户输入直接拼接到查询语句中。这样可以防止SQL注入攻击。
6. 最小权限原则：为数据库用户分配最小的权限，只允许其执行必要的操作。避免使用具有超级用户权限的账号连接到数据库。
7. 错误消息处理：在Web应用程序中不要向用户显示详细的错误消息，以防止攻击者获取敏感信息。将错误消息记录到日志文件中，并向用户提供一般性的错误提示。
8. 定期备份和监控：定期备份数据库，以防止数据丢失。同时，监控数据库服务器和Web应用程序的活动，及时检测和应对潜在的安全漏洞或攻击。
9. 使用Web应用程序防火墙（WAF）：考虑使用Web应用程序防火墙来检测和阻止恶意的SQL注入攻击。WAF可以通过检查HTTP请求和响应中的异常模式来保护Web应用程序。
10. 定期更新和审查安全策略：定期审查和更新安全策略和措施，以适应新的安全威胁和攻击技术。
需要注意的是，以上措施只是一些基本的安全实践，不能保证完全免受SQL注入攻击。因此，在开发和维护Web应用程序时，还应该与安全专家合作，进行详细的安全评估和测试。
